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Therese Bruggisser-Lanker studierte Musikwissenschaft (V. Ravizza), Mittelalterliche und Neuere Geschichte (A. Esch, P. Blickle) an der Universität Bern. 1999 Promotion mit einer Arbeit über die Musik und Liturgie im Kloster St. Gallen in Spätmittelalter und Renaissance. 2008 Habilitation an der Universität Bern mit einer Schrift über Musik und Tod im Mittelalter, 2011 Habilitation an der Universität Zürich.
1995–2002 Dozentin für Musikgeschichte sowie Leiterin der Musikbibliothek der Musikakademie St. Gallen. 2003–2011 Lehrbeauftragte bzw. Lehrstuhlvertretungen an den Universitäten Bern und Zürich sowie Dozentin am Berner Mittelalter Zentrum. 2003–2007 Gastprofessur an der Universität Fribourg. 2008–2011 Privatdozentin an der Universität Bern. Danach ständige Lehrbeauftragte am Musikwissenschaftlichen Institut der Universität Zürich, seit 2015 Titularprofessorin der Universität Zürich.
1996–2004 Mitarbeit im Vorstand des RISM (Répertoire International des Sources Musicales) zur Erschliessung der Schweizer Musikhandschriften, Musikdrucke und Libretti.
1998–2002 in der künstlerischen Leitung des Forums Alte Musik St. Gallen.
2002–2012 Zentralpräsidentin der Schweizerischen Musikforschenden Gesellschaft (SMG).
Gutachtertätigkeit für die Schweizerische Akademie der Geistes- und Sozialwissenschaften (SAGW), den Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (FWF) Österreichs und die Alexander von Humboldt-Stiftung.
Forschungsinteressen: Musik und Musikdenken in Mittelalter und Renaissance im Kontext einer interdisziplinär ausgerichteten Kulturgeschichte (vor allem an philosophischen, kunst- und religionswissenschaftlichen Schnittstellen); Gregorianik und Liturgie, Kirchenmusik des 17. und 18. Jahrhunderts, Rezeption der Alten Musik in Romantik, Neoklassizismus und Postmoderne, Geschichte der Musikhistoriographie, Fragen der Kulturtheorie und Kulturanthropologie.